Comme ses compatriotes Romario et Sonny Anderson, Danilo a été formé au Vasco de Gama, l'un des principaux clubs brésiliens. Repéré, avant même ses débuts en pro, il ne dispute qu'une poignée de rencontres au Brésil avant de quitter le pays pour l'Europe et le Portugal. Transféré à Braga alors qu'il n'a que 18 ans (2014), il s'impose d'emblée comme un titulaire et réalise une saison pleine. L'année suivante (2015-16), il découvre la Liga espagnole avec un prêt à Valence. Là encore, il est titulaire dans l'entrejeu. À l'été 2016, désireux de confirmer deux premières saisons accomplies en Europe, il est prêté au Benfica Lisbonne. Cette fois, ce n'est pas une réussite. Il y fréquente principalement le banc et quitte le futur champion du Portugal en cours de saison, pour rejoindre la Belgique et le Standard de Liège. Là encore, le scénario se répète et Danilo joue peu. Revenu à Braga en 2017, il retrouve une place dans l'équipe première et joue un rôle important dans la 4e place que vient de décrocher le club portugais en disputant 46 matchs pour 4 buts et 4 passes décisives.


Sélectionné en équipe du Brésil dès l'âge de 14 ans, Danilo y a fréquenté toutes les catégories de jeunes: U17, U20, U21, U23... Il a notamment participé à la Coupe du monde des moins de 17 ans en 2013, et s'est hissé en finale de la Coupe du monde des moins de 20 ans en 2015.

N'ayant jamais vraiment réussi à s'imposer en rouge et noir depuis son arrivée à Nice (44 matchs en 3 saisons), il est prêté lors du mercato hivernal à Palmeiras au Brèsil, avec option d'achat.