Milieu offensif gauche formé au Sporting Toulon Var, Jordan Amavi a intégré le centre de formation de l’OGC Nice en 2010. Il a été replacé défenseur latéral par Claude Puel lors de la saison 2013/2014 et a fait quelques apparitions remarquées en L1 en latéral gauche lors de cette saison. Suite au départ de Kolodziejczak, il devient titulaire indiscutable au poste de latéral gauche en 2014/2015, en étant le joueur le plus aligné par le coach.
Cette première grosse saison met en lumière le jeune latéral. Nice souhaite le conserver « à moins d'une offre impossible à refuser » selon le président Rivère, et cette offre arrivera finalement d'Angleterre. Le club d'Aston Villa s'offre le joueur en échange de 15M€, l'un des plus gros transfert réalisé par l'OGC Nice. Jordan signe à Aston Villa le 18 juillet 2015.
Après deux saisons en Angleterre, Jordan revient en France du côté de Marseille. Il passe 5 saisons à l'OM, et disputera notamment une finale d'Europa League en 2018. Peu utiliser en début de saison 2021/2022, il est prêté pour 6 mois au Gym lors du mercato hivernale, avec une option d'achat de 5M€.